卵巣嚢腫（腫瘍）の全てが治療を必要とするわけではありません。卵巣嚢腫はほとんどが良性ですので、それほど大きくなくて無症状の時は経過をみます。超音波検査で悪性が疑われる場合や症状がある場合には手術をします。悪性の可能性が低ければ、通常、腹腔鏡下手術が行われます。正常卵巣部分を残す嚢腫核出術を原則的に行い、術後は正常卵巣機能を有します。卵巣は一つだけでも妊娠が可能ですが、若年の場合、極力卵巣を残す方針がとられます。卵巣をすべて摘出してしまうと、女性ホルモンの分泌がなくなるので、ホルモンのバランスがくずれ、自律神経のバランスも崩れ、更年期障害のような症状が表れます。また、とってからしばらくすると、副腎からの少量の女性ホルモンの分泌で、少し症状が軽くなる場合もあります。人によって、差がありますが、副作用の心配はありません。
子宮内膜症では偽閉経療法といって薬によって閉経状態を作る治療法もあります。